Hola,
El procesador es quien controla PCIe. Por el chipset que consultas, 12000 de intel, independiente del procesador que elijas tiene 20 lanes, las que, dependiendo del fabricante y cuantos slot dejó y como configuró, se pueden separar en 16x+4x o 8x+8x+4x (lo tipico, 4x es el slot m.2 para conectar un NVMe. El/Los slot 16x dependiendo de lo que conectes es como actua (imagen de referencia, se ven dos slot con "escudo" o latita para mayor rigidez. Esos dos slot están vinculados al CPU, si usas los dos, pues cada uno funciona a 8x. Si utilizas solo uno, funciona a 16x).
Ver adjunto 28209
El resto de perifericos (USB, LAN, wifi, SATA, Slot m.2 adicionales) se conectan con el chipset, el cual via otro canal (DMI) se conecta con el CPU. Tienes mayor latencia y menor ancho de banda global, ahora, tampoco es que sea tanta diferencia por naturaleza de dispositivos (la unica forma de notar el impacto es usando una cantidad importante de NVMe y accediendo a datos constantemente. Salvo eso, es dificil saturar el DMI).
En respuesta corta, con tu configuración: GPU+NVMe+Wifi+SATA no tendrás ningun problema, SIEMPRE que revises el manual y utilices los puertos correctos (están identificados como PCIe desde CPU si tiene más de uno para los slot 16x. Para el M.2, si tiene más de uno y no identifica, es el puerto más cercano al socket, salvo que el fabricante sea bruto)
